Флуоресцентные dUTP и dCTP можно использовать для ферментативного мечения ДНК-зондов в одноэтапной процедуре. Меченый ДНК-зонд визуализируется непосредственно с помощью флуоресцентной микроскопии или спектроскопии. Комбинированная маркировка, т.е. мечение зондов разными или уникальными наборами флуорофоров позволяет одновременно визуализировать несколько мишеней (мультиплексирование).
Выбор флуорофора (ов) зависит от доступного источника возбуждения, наборов фильтров, области применения (одноцветная или многоцветная визуализация) и желаемого метода ферментативного мечения (Ник-трансляции или ПЦР). И фотостабильность, и гидрофильность флуорофора являются критическими параметрами, которые следует учитывать при принятии решения. Например, флуорофоры с улучшенной фотостабильностью обычно могут повышать чувствительность, тем самым улучшая пределы обнаружения последовательностей-мишеней. Однако гидрофильность флуорофора напрямую влияет на свойства субстрата соответственно помеченных dUTP и dCTP. dUTP и dCTP, меченные гидрофильными (например, Cy3) или умеренно гидрофобными красителями (например, Texas Red), идеально подходят как для ПЦР, так и для мечения методом Ник-трансляции. Напротив, гидрофобные флуорофоры (например, ATTO647N) вызывают раннее прекращение амплификации ДНК, скорее всего, из-за взаимодействия краситель-краситель или краситель-энзим, и поэтому рекомендуются только для Ник-трансляции.